La direction générale des douanes et droits indirects est composée :

• d'une direction générale ;
• de services déconcentrés en France métropolitaine et Outre-mer ;
• de services spécialisés :
  • le service national de douane judiciaire (SNDJ), qui effectue des enquêtes avec des moyens de police judiciaire ;
  • le service commun des laboratoires DGDDI / DGCCRF (SCL) ;
  • le service d’analyse de risque et de ciblage (SARC) ;
  • la direction nationale du recrutement et de la formation professionnelle (DNRFP) ;
  • la direction nationale des statistiques et du commerce extérieur (DNSCE) ;
  • le centre informatique douanier (CID) ;
  • le musée national des douanes à Bordeaux (MND).